Fundację Ekumeniczną „TOLERANCJA” założyła w roku 1993 grupa działaczy chrześcijańskich, którym bliska była
i jest idea tolerancji.
Przewodniczącym Rady Społecznej Fundacji przez wiele lat był zmarły w 2003 roku profesor Tadeusz Zieliński
(były rzecznik praw obywatelskich), samą zaś Radę Społeczną Fundacji tworzy grupa osób różnych wyznań, duchownych, naukowców, polityków, dziennikarzy.
Fundacja Ekumeniczna „TOLERANCJA” od chwili powstania z niesłabnącą konsekwencją realizuje postawione sobie cele, a więc propagowanie tolerancji i poszanowania dla wszystkich mniejszości zwłaszcza wyznaniowych, narodowościowych i kulturowych.
Czyni to poprzez organizowanie publicznych dyskusji, prowadzenie badań studyjnych, nagradzanie prac dyplomowych absolwentów wyższych uczelni, jeśli tematem prac były problemy tolerancji.
Działacze Fundacji „TOLERANCJA” do zadań naczelnych zaliczają zwalczanie wszelkich przejawów nacjonalizmu, szowinizmu oraz jątrzącego stosunki społeczne antysemityzmu, powstającego bardzo często na gruncie uprzedzeń wyznaniowych i narodowych.
Tym zagrożeniom, wynikającym z niedojrzałości społecznej Fundacja przeciwstawia wartości będące wspólnym dorobkiem ludzkości.
Celem Fundacji ponadto jest inicjowanie i rozwijanie różnorodnych form współpracy ludzi dla budowania stosunków międzywyznaniowych i narodowościowych na zasadach równoprawności oraz utrzymywanie kontaktów ze środowiskami ekumenicznymi Europy i świata.
Fundacja „TOLERANCJA” współpracuje z różnymi organizacjami międzynarodowymi m.in.:
Fundacja współdziała również z Patriarchatem Moskiewskim oraz Kościołem Prawosławnym na Białorusi.
Fundacja Ekumeniczna „TOLERANCJA” wydaje dwa czasopisma.
Od 1998 roku wręczane są medale „Zasłużony dla Tolerancji” wybitnym osobistościom zarówno w Polsce jak
i zagranicą, którzy szczególnie zasłużeni są w tego rodzaju poczynaniach.